Tom Sawyer es un niño que vive en San Petersburgo al lado del río Mississippi con su hermano menor Sid, su prima Mary y su tía Polly. Ésta última trata de ser severa con él, signo de cuánto lo quiere. Tom es un niño muy travieso y mentiroso. Por causa de algunas de esas travesuras, tía Polly lo castiga haciéndole pintar la valla. Él convence con gran astucia a sus amigos de que pintar la valla es arte, y por ello, la pintan ellos y él queda como un chico bueno y obediente.
Posteriormente, Tom conoce a una chica llamada Becky y se enamora de ella. Dentro de su inocencia de chicos él le pide que se case con él, ya que eso hacen los adultos, y para sellar esta proposición se tienen que besar, como es la costumbre (y se besan).
Él y un par de amigos queriendo alejarse del pueblo decidieron irse a un islote cercano, para poder convertirse en unos muy buenos piratas y/o bandidos cuando sean adultos, pero a causa de aquello todo el pueblo cree que se han ahogado y se crea un alboroto. El pueblo hace un velorio simbólico por los niños ahogados y desaparecidos. Tom al percatarse de lo sucedido decide aparecerse con sus compañeros justo el día del velorio.
Tiempo después Tom va a una cueva con Becky y se pierden por tres días. El pueblo se moviliza para poder rescatarlos, pero en vano. Lograron salir gracias a la perseverancia de Tom. Huck vigila a los malhechores porque querían saber dónde esconderían el tesoro Indio Joe y sus amigos, pero escucha que querían vengarse de la viuda del juez Douglas (quien lo había condenado), cortándole las orejas y la nariz (venganza a la tradición india).
Huck, escuchando tan horribles declaraciones, alcanza a pedir ayuda, y se salva la vida, pero escapan los asesinos, escondiéndose en una cueva. Al final, Tom y Huck regresan a la cueva, ya que el Indio Joe escondió allí un tesoro, lo encuentran y se hacen ricos. El Indio Joe y sus secuaces mueren dentro de la cueva porque el sheriff manda clausurar la entrada, y con esas muertes también muere los temores de Tom y Huck, ya que no descansaban en paz pensando que los pudieran vengar.
La viuda del Juez Douglas albergó a Huck para darle una buena educación y que fuera un hombre de bien, pero el niño no soportó mucho tiempo vivir como niño mimado, y se fue a vivir nuevamente como un huérfano, a orillas del río Mississippi.