El libro narra los intentos de Robert Langdon, Profesor de Iconografía Religiosa de la Universidad Harvard, para resolver el misterioso asesinato de Jacques Saunière ocurrido en el Museo del Louvre en París. El cuerpo de Saunière fue encontrado en el ala Denon del Louvre en la postura del Hombre de Vitruvio (dibujo realizado por Leonardo da Vinci) con un mensaje críptico escrito a su costado y un pentáculo dibujado en el pecho con su propia sangre. La interpretación que realiza tanto Langdon como la agente francesa Sophie Neveu, nieta de Saunière, los llevan a analizar otras obras como la Mona Lisa.Hombre de Vitruvio, de Leonardo da Vinci.El principal conflicto que presenta la novela radica alrededor de dos misterios:
¿Qué secreto intentó proteger Saunière?
¿Quién planeó este asesinato?
El desarrollo de la historia requiere la solución de varios acertijos y anagramas. La solución a cada uno de ellos se encuentra íntimamente ligada a la posible ubicación del Santo Grial y relativo a una misteriosa sociedad secreta llamada el Priorato de Sión, así como a los Caballeros templarios. La historia también envuelve a la organización católica del Opus Dei.
La novela es la segunda de una trilogía en la que Robert Langdon es protagonista, Ángeles y Demonios, tenía lugar en Roma y trataba acerca de los Illuminati. Aunque Ángeles y Demonios se centran en el mismo personaje, no es necesario leerlos en orden para comprender la trama de El Código Da Vinci. El próximo libro podría salir a la venta en 2007 y su posible título es The Solomon Key.
Aparentemente, la relación con Vittoria Vetra (personaje protagonista de Ángeles y Demonios) ha concluido. Esto indicaría el romance con Sophie que se indica al final de la novela también sea dejado de lado en el próximo libro.
El mensaje completo que Saunière escribió en el suelo del Louvre tenía como línea final "P.S. Buscar a Robert Langdon". Por tal motivo Bezu Fache había fotografiado y borrado tales palabras antes de la llegada de Langdon, para que éste no supiera que la policía sospechaba de él. La agente Sophie Neveu vio el mensaje completo en la oficina de policía y se dio cuenta de que el mensaje era para ella desde que su abuelo la llamaba "Princesse Sophie" (P.S.). Por eso también supo que Langdon era inocente. Neveu informa en secreto a Langdon conminándole a que llame al servicio de mensajes telefónicos de Neveu y escuche el mensaje que ella le había dejado. Al final del libro, Robert Langdon y Sophie Neveu se enamoran. Acuerdan encontrarse en Florencia, al igual que hizo con Vittoria en Ángeles y Demonios.
Saunière era Gran Maestre del Priorato de Sión y por lo tanto, conocía la ubicación de la clave, la cual lleva hacia el Santo Grial y los documentos que estremecerían los cimientos del Cristianismo y la Iglesia. Fue asesinado cuando Silas, inducido por El Maestro, intenta acceder a esta información tras haber eliminado a los miembros principales del Priorato (les senechaux). La razón por la cual Sophie se desentendió de su abuelo fue por haberlo descubierto participando en un ritual sexual pagano llamado Hieros Gamos en su castillo de Normandía, cuando ella llegó por sorpresa durante unas vacaciones de la Universidad. Las otras líneas del mensaje de Saunière son anagramas. La primera son los dígitos de la secuencia de Fibonacci, desordenados. La segunda y tercera; ¡Diavole in Dracon! ¡Límala asno! (O, draconian devil!, Oh, lame saint!) son anagramas de "Leonardo da Vinci" y "La Mona Lisa" y llevan a otra serie de pistas. Sobre el plexiglás protector de La Mona Lisa, Saunière escribió el mensaje "no verdad lacra iglesias" (So Dark the con of Man) con un rotulador de tinta invisible utilizado en los museos y que se detecta bajo luz ultravioleta. La segunda pista es otro anagrama para La Virgen de las Rocas, otro cuadro de Da Vinci colgado muy cerca de allí. Detrás de esta pintura, Saunière ocultó una llave y en la llave escribió una dirección.
La llave abre una caja fuerte en la sucursal parisina del Banco de Depósitos de Zurich. El número de cuenta de Saunière en el banco es un número de 10 dígitos que consiste en los 8 primeros números de la Secuencia Fibonacci, pero puestos en orden:1123581321.
Las instrucciones que Saunière reveló a Silas bajo amenaza, es en realidad una mentira bien ensayada, diciendo que la clave está sepultada en la iglesia de Saint-Sulpice bajo el obelisco que está en la antigua Línea Rosa (se supone que el primer meridiano pasaba a través de París antes de ser ubicado en Greenwich, aunque en realidad el verdadero Meridiano de París no pasa por la iglesia de Saint Sulpice). El mensaje debajo del obelisco contiene simplemente una referencia al Libro de Job el cual dice: "Hasta aquí llegarás, pero no más allá". Cuando Silas lo lee se da cuenta de que ha sido engañado.
La clave es en realidad un criptex, un dispositivo cilíndrico diseñado por Leonardo da Vinci para transportar mensajes con seguridad. Para abrirlo, la combinación de componentes rotatorios rotulados con las letras del abecedario deben formar una palabra, en orden correcto. Si se lo intenta abrir a la fuerza, un mecanismo interno rompe un tubo que contiene vinagre disolviendo el mensaje escrito en papiro (pero en realidad el vinagre no disuelve el papiro). La caja de palisandro (o palo de rosa) en el cual está el criptex, contiene las pistas de la combiación del criptex, escritas al revés, como lo hacía Leonardo en sus diarios. Mientras vuelan hacia Inglaterra a bordo del jet de Sir Leigh Teabing, miembro de la Real Academia Inglesa de Historia, erudito en el tema del Grial, Langdon resuelve el primer enigma que resulta ser "S-O-F-I-A", la antigua (y moderna) forma griega del nombre Sophie, que también significa sabiduría.
El criptex contiene un segundo criptex más pequeño con un segundo acertijo para resolver su combinación. El acertijo, que menciona a un orbe que debiera estar en la tumba de un "caballero enterrado por un papa", no se refiere a un caballero medieval, sino a la tumba de Sir Isaac Newton, sepultado en la Abadía de Westminster, cuyo funeral fue oficiado por Alexander Pope (A. Pope; a pope; un papa en inglés). El orbe se refiere a la manzana observada por Newton que lo llevó a formular la Ley Universal de gravitación y por esto la combinación del segundo criptex es "A-P-P-L-E" (POMUM).
La tumba de Isaac Newton en la abadía de WestminsterEl Maestro es Sir Leigh Teabing, quien descubrió las identidades de los líderes del Priorato de Sión ocultando micrófonos en sus oficinas. Teabing había contactado al obispo Aringarosa, perteneciente al Opus Dei y protector de Silas, utilizando un falso acento francés, para ocultar su identidad y lo engañó para que financie la búsqueda del Grial. Teabing nunca tuvo la intención de entregar el Grial a Aringarosa, simplemente se aprovechó del deseo del líder del Opus Dei por encontrar al Grial. Teabing supuso que el Priorato había roto la promesa de revelarle al mundo la verdad acerca del Grial en el momento acordado; por eso ideó el plan de robar los documentos del Grial y revelarlos por sí mismo al mundo. Él informó a Silas de que Langdon y Sophie estaban en su chateau. No les quitó el criptex porque quería utilizarlos para decodificar el criptex. Luego la policía irrumpe en la casa, tras seguir el rastro del dispositivo GPS en un furgón que Langdon robó para huir del banco suizo. Teabing conduce a Neveu y Langdon a la iglesia del Temple en Londres, sabiendo perfectamente que era un callejón sin salida, para fingir un secuestro con Rémy Legaludec, su mayordomo.
Para borrar cualquier pista de su trabajo, Teabing mata a Rémy, invitándole coñac mezclado con polvo de cacahuete, sabiendo que Rémy tiene una alergia mortal al mismo. Por tanto, Rémy muere por choque anafiláctico. Teabing también avisa a la policía, anónimamente, de que Silas se oculta en la sede del Opus Dei en Londres, a donde le ha recomendado que vaya.
En un enfrentamiento con Teabing en la Abadía de Westminster, Langdon abre en secreto el criptex y oculta su contenido antes de destruirlo frente a Teabing. Teabing es arrestado y detenido por la policía mientras le ruega infructuosamente a Langdon que le diga cual era el contenido del segundo criptex y la ubicación secreta del Grial.
El inspector Fache deduce que Langdon y Neveu son inocentes después de descubrir un equipo de espionaje en el granero de Teabing. Silas hiere por accidente a Aringarosa en el exterior de la sede londinense del Opus Dei mientras escapa de la policía y posteriormente se suicida. Al caer en la cuenta de su terrible error y de que ha sido engañado por El Maestro, Aringarosa le dice a Bezu Fache que reparta los bonos al portador que lleva en el portafolios a las familias de los líderes asesinados del Priorato de Sión. Tales bonos le habían sido entregados por el Secretario del Vaticano en pago por el préstamo realizado por el Opus Dei al Papa para salvar de la bancarrota a la Banca Vaticana, en compensación por la decisión del papado expulsar de la Iglesia Católica al Opus Dei.
El mensaje final del segundo criptex que rezaba "Bajo la antigua Roslin, el Grial con impaciencia espera tu llegada. Custodios y guardianes de sus puertas serán por siempre el cáliz y la espada. Adornada por artes de maestros, ella reposa al fin en su morada y el manto que la cubre en su descanso, no es otro que la bóveda estrellada.", no se refiere a la Capilla Rosslyn, en Edimburgo, aunque el Grial estuvo enterrado allí una vez, debajo de la estrella de David en el piso (los dos triángulos combinados son la "espada" y el "cáliz", símbolos de masculinidad y femineidad).
Sophie en ese momento, recuerda que ya había estado allí de pequeña, cuando vio a su abuelo despedirse de una mujer de su misma edad. Entonces, Sophie va corriendo hacia la rectoría enfrente de la capilla y se encuentra con aquella misma mujer, llorando sobre una foto de Saunière.
Esa mujer era, Marie Chauvel, la abuela de Sophie y esposa de Jacques Saunière. Ella es la mujer que participó en el ritual sexual pagano (Hieros Gamos) junto a Jacques Saunière. Sophie, al encontrarse finalmente con su abuela, conoce que ni el hermano de Sophie ni ella murieron (como creía que sucedió en el mismo accidente en que murieron sus padres), sino que todo fue un intento de proteger a los nietos de Jacques Saunière y de Marie Chauvel. Chauvel también les dice a Langdon y a Sophie que, aunque los cuatro líderes del Priorato de Sión fueron asesinados, el secreto no se perdió, porque desde siempre, ha habido un plan de contingencia (nunca revelado) que mantiene a la organización y a su secreto, vivos. El verdadero significado del último mensaje es que el Grial está sepultado debajo de la pirámide pequeña (la espada, símbolo masculino) directamente debajo de la pirámide invertida del Louvre (el cáliz, símbolo femenino, contra el cual, irónicamente, Langdon y Sophie estuvieron a punto de chocar cuando huían de Fache).
Al final del libro, Langdon reflexiona sobre el acertijo y de repente, recuerda los marcadores dorados en las calles de París que marcan el lugar del antiguo meridiano. Langdon sigue aquellos marcadores, hasta que finalmente encuentra el techo de cristal de la Pyramide Inversé (Pirámide Invertida) y encuentra debajo de ella, una pirámide de mármol más pequeña. Langdon mira hacia el cielo nocturno recordando aquellos últimos fragmentos del poema "...el manto que la cubre en su descanso, no es otro que la bóveda estrellada.". Langdon, en aquel instante, se da cuenta de donde estaba el Santo Grial y como motivado por un profundo sentimiento de respeto, se arrodilla ante las dos pirámides, pues finalmente ha encontrado, el lugar donde finalmente descansaban tranquilos, los restos de María Magdalena, la encarnación de la divinidad femenina excluida por la Iglesia cristiana desde el Emperador Constantino.
